Pemerintahan Kolonial Belanda di Nusantara Setelah Napoleon dikalahkan oleh pasukan koalisi, Willem van Oranje kembali menjadi raja di negerinya. naik tahta sebagai Souverein vorst (1814), kemudian sebagai raja (1815). Berdasarkan Groundwet (konstitusi Kerajaan Belanda), kekuasaan tertinggi atas wilayah jajahan berada di tangan raja. Demikian pula dengan kekuasaan undang-undang. Staten Generaal (parlemen) sama sekali tidak diikutsertakan di dalamnya. Dengan kekuasaannya itu Raja menunjuk tiga orang Commissaris Generaal, yaitu C.Th. Elout, G.A.G. Ph. Baron van der Capellen, dan A.A. Buyskes, untuk mengambil alih jajahan Belanda di Asia dari tangan Inggris. Mereka diberikan kekuasaan besar mewakili Pemerintahan Agung (Raja). Sejak masa Commissaris Generaal inilah, sebutan Oost Indië, atau Hindia Timur, berganti menjadi Nederlandsch Oost Indië (Hindia Belanda Timur). Akan tetapi tidak lama kemudian nama tersebut berubah kembali menjadi Nederlandsch Indië (Hindia Belanda), seperti terlihat dalam Staatsblad (Lembaran Negara) tahun 1816.
Tugas pokok yang dibebankan kepada van der Capellen dan kawan-kawan adalah membangun kembali sistem pemerintahan yang baik di Hindia. Tujuannya agar daerah koloni ini segera dapat memberikan keuntungan kepada negeri induknya, yang sudah banyak terlibat utang, termasuk utang-utang VOC. Akan tetapi kondisi politik di Hindia Belanda yang belum sepenuhnya aman sejak ditinggalkan Daendels.
Perlu diketahui bahwa wilayah yang tercakup dalam negara kolonial Hindia Belanda itu pada awalnya hanya mencakup wilayah-wilayah taklukkan VOC atau yang diklaim sebagai taklukkan VOC. Kerajaan Aceh, Bangka dan Belitung misalnya, tidak termasuk Hindia Belanda, karena bukan taklukkan VOC. Akan tetapi Singapura dan Malaka termasuk Hindia Belanda karena bekas taklukkan VOC. Namun dalam perkembangannya kemudian wilayah Hindia Belanda mengalami banyak perubahan.
Pada saat Commissaris Generaal memulai tugasnya, ada beberapa daerah taklukkan VOC yang menyatakan tidak terikat lagi oleh perjanjian dengan VOC yang telah runtuh. Sikap tersebut secara otomatis menyatakan bahwa mereka juga tidak terikat dengan negara kolonial Hindia Belanda. Dalam dua dasawarsa pertama pendirian negara kolonial Hindia Belanda, paling tidak ada tiga perlawanan atau pemberontakan yang dinilai sangat mengganggu kewibawaannya, yaitu perlawanan Pattimura di Maluku; perlawanan Diponegoro (de Java oorlog) di Jawa; dan perlawanan kaum Padri di Sumatera Barat.
Ada pun yang menjadi landasan operasional di Hindia Belanda diatur berdasarkan Regeering Reglement (Peraturan Pemerintah, disingkat RR). Menurut peraturan ini, dalam menjalankan tugasnya gubernur jenderal (anggota Commisaris Generaal) didampingi oleh Raad van Indië yang beranggotakan empat orang. Gubernur jenderal bersama Raad van Indië inilah yang disebut sebagai Pemerintahan Agung di Hindia Belanda. Sejak tahun 1816, ada dua instansi yang membantu pekerjaan Pemerintahan Agung di Batavia ini, yaitu Generale Secretarie (sekretaris umum) untuk membantu Commisaris General dan Gouvernement Secretarie (sekretaris pemerintahan) untuk membantu Gubernur Jenderal. Namun kedua lembaga itu berumur pendek dan dihapuskan pada tahun 1819. Kedudukannya kemudian digantikan oleh Algemene Secretarie, yang bertugas membantu gubernur jenderal (terutama memberikan pertimbangan keputusan).
Dengan demikian dapat dikatakan bahwa dalam hal-hal tertentu, struktur birokrasi pemerintahan Hindia Belanda sama dengan pemerintahan VOC. Adapun perbedaan yang cukup mencolok di antara keduanya berkaitan dengan kewenangan gubernur jenderal. Apabila pada masa VOC tidak ada aturan khusus yang mengatur kewenangan gubernur jenderal, sehingga dia dapat berimprovisasi sendiri dalam menjalankan pemerintahannya, maka pada masa Hindia Belanda terdapat peraturan yang mengatur kewenangan gubernur jenderal yang tertuang dalam RR. Begitu pula dalam hal pertanggungjawaban, apabila pada masa VOC gubernur jenderal memberikan laporannya kepada Heeren XVII, maka pada masa Hindia Belanda dia bertanggung jawab langsung kepada raja, melalui menteri jajahan.
Dalam tata pemerintahan kolonial, Gubernur Jenderal didampingi oleh Direksi atau departemen-departemen, yang namanya kemudian menjadi Departementen van Algemeen Bestuur. Dalam perkembangannya, lembaga ini seringkali mengalami perubahan, baik dalam susunannya maupun hierarkinya, akibat keadaan di Hindia Belanda sendiri maupun di Eropa (termasuk Negeri Belanda). Salah satu peristiwa yang membawa dampak cukup besar pada tata pemerintahan Hindia Belanda adalah revolusi yang terjadi di Eropa pada tahun 1848. Sejak revolusi itu, dapat dikatakan bahwa di Eropa Barat tidak ada lagi raja yang berkuasa mutlak. Sebaliknya, para penguasa itu kini dibatasi oleh konstitusi. Dalam kasus raja Belanda, kekuasaannya dibatasi oleh Groundswet (konstitusi) tahun 1848.
Penerapan Groundswet 1848 menyebabkan RR di Hindia Belanda berubah dengan terbitnya RR baru tahun 1864. Berdasarkan RR baru ini, Direksi yang berada di bawah gubernur jenderal dibubarkan dan diganti dengan departemendepartemen baru, yang masing-masing berdiri sendiri. Pada tahun 1933, terdapat enam departemen, yaitu sebagai berikut:
- Departemen van Justitie
- Departemen van Financien
- Departemen van Binenland Bestuur
- Departemen van Onerwijs en Eredeinst
- Departemen Economische Zaken
- Departemen Verkeer en Waterstaat.
Selain keenam departemen sipil di atas, terdapat dua departemen militer, yaitu departemen peperangan dan marine (angkatan laut). Direktur dari departemendepartemen sipil diangkat oleh gubernur jenderal sedangkan panglima angkatan darat dan laut diangkat oleh raja.
Meskipun ada upaya untuk melakukan modernisasi struktur birokrasi pemerintahan Hindia Belanda, namun dalam batas-batas tertentu struktur politik sebelumnya masih tetap dipertahankan, demi mempertahankan loyalitas, khususnya loyalitas para elit pribumi. Hal ini terlihat jelas dari struktur dan jabatan dalam organisasi pemerintahannya. Jabatan-jabatan teritorial di atas tingkat kabupaten tetap dipegang oleh orang-orang Eropa/Belanda. Jabatan tertinggi yang dipegang oleh orang pribumi adalah kepala kabupaten, yaitu bupati. Bupati ini dibantu oleh seorang patih. Di bawah tingkat kabupaten terdapat kewedanaan yang dijabat oleh seorang wedana. Kecamatan, yang dikepalai seorang camat, merupakan wilayah di bawah kewedanaan. Sedangkan jabatan kepala desa pada dasarnya tidak termasuk dalam struktur birokrasi pemerintah kolonial sehingga bukan merupakan anggota korp pegawai dalam negeri Hindia Belanda.
Korps pegawai dalam negeri Hindia Belanda (Departemen van Binnenland Bestuur), terdiri atas pegawai bangsa Eropa dan pribumi. Korp pegawai Eropa disebut Eropees bestuur sementara korps pegawai negeri pribumi disebut inland bestuur. Kedua korp pegawai ini secara umum disebut binnenland bestuur (BB). Dalam bahasa pribumi BB ini disebut Pangreh Praja (Pemangku Kerajaan). Para pejabat pribumi inilah yang disebut kaum priyayi, suatu istilah yang sebelumnya dipakai di kerajaan Jawa.
Seperti yang telah dikemukakan di atas, kepala desa tidak termasuk kategori priyayi karena tidak termasuk ke dalam barisan BB. Oleh karena itu, kepala desa tidak diangkat maupun digaji oleh pemerintah. Mereka dipilih langsung oleh rakyat dan digaji oleh rakyat pula, yaitu melalui tanah desa yang diserahkan kepadanya selama dia menjadi kepala desa. Tanah jabatan atau tanah gaji ini di beberapa daerah di Jawa disebut tanah bengkok.
Ketika wilayah Hindia Belanda menjadi lebih luas akibat kebijakan politik pasifikasi dan pemantapan (pax nederlandica), kebutuhan tenaga kerja untuk mengelola administrasi negara semakin meningkat. Dalam hal ini tenaga-tenaga pribumi semakin banyak terserap ke dalam birokrasi pemerintahan. Selain itu, pengawasan pemerintah pun semakin menukik ke bawah. Meskipun jabatan teritorial dari tingkat kabupaten ke bawah masih tetap dipegang kaum pribumi, namun dengan alasan untuk mendampingi para pejabat itu maka diadakan jabatan-jabatan non teritorial setingkat kabupaten, kewedanaan dan akhirnya juga kecamatan. Apabila di tingkat kabupaten ada jabatan asisten residen, maka untuk tingkat kecamatan ada jabatan controleur, sementara di bawahnya lagi ada jabatan aspirant control.[gs]