Supremasi VOC di Kep. Indonesia Bagian Timur Dalam menghadapi para penguasa-penguasa di kepulauan Indonesia bagian timur, VOC menjalankan politik dan taktik yang relatif sama dengan yang mereka praktikan di Jawa. Di kepulauan Maluku misalnya, VOC berusaha melumpuhkan perlawanan kaum Muslim Hitu di bawah pimpinan Kakiali yang bergelar Kapitein Hitu (semula yang mendapat gelar ini adalah ayahnya yang pro VOC) dengan berupaya mendekati raja Ternate. VOC menyatakan bersedia mengakui kedaulatan Ternate atas Seram dan Hitu serta menggaji raja Ternate sebesar 4.000 Real Spanyol setahun. Sebagai imbalannya, Ternate harus menghentikan semua penyelundupan perdagangan cengkeh dan diserahkan kepada VOC. Perjanjian ini menjadi tidak efektif karena Kakiali sebagai kapitein Hitu tidak bersedia mengikuti perjanjian itu. Namun ada satu hal yang menguntungkan VOC, yaitu Malaka telah berhasil mereka kuasai (1641) sehingga kekuatan lautnya bisa dipusatkan untuk menumpas perlawanan Kakiali dan kawan-kawannya. Akhirnya VOC berhasil membunuh Kakiali setelah terlebih dahulu berhasil membujuk seorang kebangsaan Spanyol yang menjadi pengikut Kakiali. Setelah Kakiali dibunuh, benteng pertahanan kaum Muslim Hitu berhasil direbut. Meskipun demikian orang-orang Hitu terus melakukan perlawanan secara sporadis dan berkali-kali membentuk komplotan anti VOC.
Kesempatan VOC untuk menguasai perdagangan di Maluku pun semakin terbuka, sewaktu raja Ternate Mandarsyah dikudeta oleh kalangan istana dan melarikan diri ke benteng VOC untuk minta bantuan. VOC mengabulkannya dengan menyodorkan berbagai persyaratan yang sangat menguntungkan VOC, antara lain mengenai monopili perdagangan cengkeh. Setelah itu sejak tahun 1652 sampai 1658 terjadi peperangan di sekitar Hoamoal yang berakhir dengan kemenangan VOC. Penduduk Hoamoal yang tersisa yang masih anti VOC dibuang ke Ambon dan semua tanaman di daerah itu dimusnahkan. Hegemoni VOC di Maluku semakin lengkap setelah tahun 1663, Spanyol menyerahkan sisa-sisa pos mereka yang berada di Ternate dan Tidore. Kemudian Spanyol menarik semua kekuatannya ke Filipina.
Setelah Ternate dapat diatasi, untuk sementara waktu Maluku dianggap ‘aman’ oleh VOC, sehingga VOC mempunyai cukup waktu untuk memusatkan perhatiannya ke Makasar (Gowa-Tallo). Kerajaan ini menjadi satu-satunya kekuatan maritim di timur yang menjadi saingan VOC. Makasar dinilai oleh VOC menjadi pusat perdagangan rempah-rempah ‘gelap’ yang membahayakan. Pihak Belanda masih melihat pedagang-pedagang Portugis masih aktif di sana sejak mereka kehilangan Malaka.
Namun untuk menundukkan Gowa bukan masalah kecil. Seperti juga di daerah-daerah lain, VOC baru mampu menundukkan lawannya, jika ada suatu kelompok berpengaruh di kerajaan tersebut yang mau bersekutu dengan pihaknya. Akhirnya VOC dapat menjalin hubungan dengan seorang pangeran Bugis, La Tenriatta to Unru’ (1634-1696), yang terkenal dengan nama Arung Palaka.
Penguasaan Gowa atas kerajaan-kerajaan Sulawesi Selatan lainnya memang masih memberikan otonomi yang cukup luas bagi penguasa setempat. Namun bagimanapun tindakan penguasa Gowa atas mereka tetap menimbulkan rasa benci. Pada tahun 1660 sekitar 10.000 orang Bugis dari Bone (termasuk Arung Palaka) pernah melakukan pemberontakan, namun gagal. Dari sekian orang yang berhasil lolos, lalu pergi ke pulau Butung meminta bantuan VOC. Kesempatan ini dipergunakan dengan baik oleh VOC. Pada tahun 1667 kekuatan gabungana antara VOC dan Bone berhasil mengalahkan Makasar. Sultan Hasanuddin sebagai Sultan Makasar terpaksa harus menandatangani perjanjian Bongaya (18 November 1667) yang sangat merugikan, terutama bagi perkembangan ekonomi masyarakat di Makasar dan Sulawesi Selatan. Sultan Hasanuddin mencoba melawan kembali mulai bulan April 1668 sampai Juni 1669. Namun kekuatan Makasar kembali mengalami kekalahan yang lebih menentukan, sehingga Makasar benar-benar harus melaksanakan perjanjian Bongaya.
Setelah Makasar runtuh, secara teori tidak ada lagi kekuatan maritim di kepulauan Nusantara yang mampu mangadakan perlawanan terhadap VOC. Akan tetapi dalam kenyataannya tidak demikian. Sultan Tidore, Jamaludin yang naik tahta tahun 1757, mulai menunjukkan perlawanan. Ia tidak puas dengan perjanian yang telah disepakati penguasa Tidore sebelumnya, yang dinilai sangat memberatkan masyarakat dan pemerintahan Tidore. Ia menolak membayar utang dan pajak-pajak tertentu. Alasannya penghasilan Tidore sendiri menurun terutama karena gangguan para bajak laut. Sultan atas desakan putranya Kaicil Syaifudin (lebih dikenal dengan sebutan Kaicil Nuku) menolak meratifikasi perjanjian yang memberatkan Tidore, terutama bagian yang mengharuskan menyerahkan wilayah Seram ke pihak VOC.
Akibat pembangkangannya itu pada tahun 1779 ia ditangkap dan dibuang ke Sailan. C.6. Runtuhnya VOC dan Perlawanan ‘Prins Rebel’ Nuku. Pada dasarnya, sejak tahun 1760-an masa kejayaan VOC sebagai kongsi dagang dunia sudah mulai meredup. Keterlibatannya dalam berbagai konflik lokal dan penguasaan teritorial yang semakin luas, membuat keuntungan dagangnya terkuras. Kondisi ini diperparah oleh korupsi yang merajalela di kalangan para pejabat VOC, sehingga sejak pertengahan abad ke-18 VOC tidak lagi mengirimkan keuntungan ke negeri induknya, tetapi sebaliknya, justru mengutang. Akhirnya pemerintah Belanda mengambil alih semua utang-piutang VOC. Namun sebelum raja Belanda bertindak, pada bulan Desember 1794-Januari 1795 Perancis menyerbu Belanda dan memaksa raja Oranje lari ke Inggris.
Sejak tahun 1796 nama VOC sudah tidak ada lagi di Eropa. Namun di Hindia Timur nama itu diputuskan oleh penguasa baru Belanda untuk tetap dipakai sampai dengan berakhirnya oktroi VOC sampai bulan Desember 1799. Untuk mengawasi kegiatan di daerah koloni seperti Hindia Timur, kemudian dibentuk Kementrian Perdagangan Jajahan yang kemudian berubah menjadi Kementrian Urusan Jajahan (Ministerie van Koloniën).
Dalam ‘masa transisi’ ini, barangkali satu-satunya kerajaan di Nusantara yang mampu memanfaatkannya adalah Nuku dari Tidore. Sebenarnya perlawanannya terhadap VOC telah diperlihatkan sejak pertengahan tahun 1798. Pada bulan Desember 1798 benteng Teluko, Ternate direbut oleh Nuku. Akan tetapi ia terpaksa menahan kemarahannya terhadap VOC karena ayahnya menasehati agar dia tidak mengangkat senjata, sebelum berhasil melakukan reorganisasi pemerintahan. Ia pun terpaksa menahan kegeramannya melihat ayahnya dihukum dan dibuang ke Sailan pada tahun 1799.
Sikap Nuku berubah setelah VOC secara sewenang-wenang mengangkat Patra Alam sebagai Sultan Tidore yang baru, yang sekaligus telah melanggar tradisi dan hukum adat setempat. Patra Alam bukan keturunan Sultan Jamaludin, sultan Tidore yang sah; namun dikenal sangat setia kepada VOC. Secara hukum tradisi dan hukum adat, Kaicil Nuku lah yang berhak menjadi Sultan Tidore.
Pihak VOC awalnya menilai akan mudah memadamkan perlawanan Nuku. Ternyata Nuku yang digelari nama Prins Rebel alias Pengeran Pemberontak sangat cerdik, baik dalam siasat perang maupun diplomasi. Ia dapat memanfaatkan kekurangan yang ada pada sistem pemerintahan VOC di kepulauan Maluku yang terdiri dari tiga gubernuran yang masing-masing berpusat di Ternate, Ambon dan Banda. Ia mampu pula mengadu domba para pejabat VOC. Sebagai contoh Gubernur Ambon, Bernardus van Pleuren tidak pernah memberi otorisasi atau izin kepada Gubernur Ternate Carnabě untuk memasuki wilayah Ambon guna mengejar atau memerangi Nuku di Seram. Bahkan terjadi sesuatu yang aneh, sewaktu Carnabě dan Patra Alam giat memerangi Nuku, justru van Pleuren mengirim tekstil dan beras serta sebentuk cincin bertatahan batu Sulaiman kepada musuh besar Kompeni itu. Selain memecah kekuatan VOC, Nuku juga berhasil menjalin hubungan baik dengaan EIC, saingan dagang VOC dari Eropa yang masih berdiri tegak di wilayah India sampai Asia Tenggara.
Berkali-kali armada militer Carnabě terkecoh oleh laporan-laporan palsu yang sengaja disebar luaskan oleh Nuku. Sebaliknya, beberapa wilayah di Maluku Utara yang semula berada di bawah pengaruh VOC, satu persatu dapat direbut oleh Nuku dan menyatakan setia kepadanya. Seperti biasa VOC selalu berusaha mencari orang-orang dari pihak lawan yang dapat dibelinya, agar menjadi kaki tangannya. Upaya VOC itu memang berhasil. Salah seorang saudara kandung Nuku yaitu Kaicil Hasan, berhasil dibujuknya untuk mengkhianati Nuku. Namun siasat dan taktik yang dikembangkan oleh Nuku berhasil meredam kekuatan para pengkhianat itu.
Nuku diakui oleh para pengikutnya sebagai Sultan Tidore dengan gelar Sri Paduka Maha Tuan Sultan Saidul Jehad Muhamad Aminudin Syah Kaicil Paparangan. Pada 14 November 1805 yang bertepatan dengan tanggal 21 Syahban 1220 meninggal dunia dalam usia 67 tahun.[gs]
